Üzərindən əsrlər, illər keçməsinə baxmayaraq, Qız qalasının tarixi hələ də bizlər üçün sirr olaraq qalır.
Bu günə qədər bu abidə ətrafında müxtəlif versiyaların irəli sürülməsinə baxmayaraq, onun nə zaman və hansı məqsədlərlə tikilməsi dəqiq məlum deyil. Sadəcə, ortada müxtəlif versiyalar var. Bəzi alimlərin qənaətincə, bu qala hərbi və müdafiə təyinatlı olub Azərbaycanın şimal sərhədlərindən- Dərbənd qalasından başlanan bütöv bir hərbi-müdafiə tikililəri kompleksinin bir hissəsidir. Gilgilçay müdafiə istehkamları kompleksi dənizdən başlanırdı. Çıraqla dağlardakı böyük qüllə ilə başa çatan bu sədd boyunca çoxlu qalalar ucaldılmışdı. Lakin alimlər hələ də Qız qalasının sirlərini aça bilməyiblər. Məsələn, bu qalanın daha əvvəl tikilməsi barədə faktlar var. Bir sıra arxeoloqların fikrincə, Qız qalasının aşağı hissəsinin 2600 il yaşı var. Bu müqəddəs məkanı neolit və ya erkən Tunc dövrünə aid edirlər. Ölkəmizin tarix və memarlığının unikal nümunəsi olan Qız qalası təkcə dini, müdafiə və elmi (astronimik) baxımdan deyil, həm də ekzoterik baxımdan çox əhəmiyyətlidir. Elə buna görə də şəhər folklorunda həm Qız qalasının özü, həm də onun adı haqqında çoxlu rəvayətlər var. Həmçinin belə hesab edirlər ki, bir vaxtlar Bakının yaxınlığında dənizin içində Qız qalasına oxşayan daha bir qüllə olub. Dəqiq bilinən isə budur ki, 1235-ci ildə Şirvanşah III Faryburz Bayıl buxtasının qayalı adalarının birində (Bayıl buxtası Bakıda ən qədim neftçıxarma sahəsidir) istehkam ucaldıb. Burada uzunluğu 180, eni 40 m olan düzbucaqlı formada bir qəsr var. Qəsrin dövrəsinə qalınlığı 1,5-2 m olan qala divarı çəkilmiş, divarda 15 keşikçi qülləsi düzəldilmişdi. Qalanın yuxarı hissəsi boyunca 400 m uzunluğunda mətn yazılmışdı. Bu mətndə Şirvanşahlar sülaləsinin nəsil şəcərəsi təsvir edilib. Qalanın salamat qalan daşlarının birinin üzərində yazılan «Bəndəri-Bakı» (Bakı limanı) sözləri var. Bu, şəhərin girəcəyində ucaldılan dəniz qalası idi. Çünki hələ XII əsrin axırlarında Şirvanşahların güclü donanması var idi. XIII əsrdə monqollar uzun müddət bu qalanı mühasirədə saxlamış, topardan atəş açaraq qalanı xeyli dağıtmış, lakin onu tuta bilməmişdilər. Bu qəsrli qala sahildən 350 m aralıda yerləşir. 1306-cı ildə baş vermiş zəlzələdən və onun ardınca Xəzərdə suyun səviyyəsi qalxandan sonra həmin ada və oradakı qala suyun altında qalıb. Arxeoloji kəşfiyyat zamanı dənizin dibindən üstü yazılı 7000-ə yaxın daş, gil qabların fraqmentləri və bütöv qablar, Şirvanşah Kerşasbın (XIII əsr) zərb etdirdiyi mis sikkələr, saxsı boru parçaları tapılıb üzə çıxarılmışdı. İndi həmin daşların bir neçəsi Şirvanşahlar sarayının həyətində saxlanılır. Suyun altında qalan qalanın özü isə «Şəhri Səba», «Səbail qəsri» və ya «Bayıl daşları» adı ilə məşhurdur.

Qız qalası memarlıq üslubuna görə Şərqdə yeganə abidə hesab olunur. Qalanın cənub-qərb tərəfində yerdən təqribən 14 metr hündürlükdə kitabə həkk olunub. Kufi xəttində yazılan bu kitabə cəmi dörd sözdən ibarətdir: «Məsud bin Davud türbəsi». Bu yazı Məsud bin Davudu qalanın memarı hesab etməyə əsas verir. Bu yerdə onu da əlavə edək ki, adıçəkilən şəxs öz dövrünün məşhur memarlarından biri olub. Hündürlüyü 28, diametri, divarlarının qalınlığı aşağı tərəfdə 5, yuxarı tərəfdə isə 4 metr olan Qız qalası silindir formalı əsas hissədən və ona bitişik bütöv çıxıntıdan ibarətdir. Onun tikilməsi barədə bir çox fərziyyələr mövcuddur. Birinci fərziyyənin müdafiəçiləri onu feodal müdafiə qalası hesab edirlər. Məlumdur ki, XII əsrin sonu feodal Bakısının çiçəklənmə dövrü olub. Bu dövr tarixə intibah dövrü və intibah mədəniyyəti kimi daxil olub. Tarixi mənbələrdə göstərilir ki, Şirvanşah I Axsitan təqribən 1175-ci ildə Bakı yaxınlığında rusların 73 gəmidən ibarət donanmasını məğlub etmiş və xəzərlərin işğal etdikləri Şabranı və Dərbəndi geri almışdı. Düşmənin dəniz tərəfdən hücum təhlükəsi Şirvanşahı dəniz sahilində müdafiə qalası tikməyə vadar edib. Belə qənaətə gəlmək olar ki, Qız qalası istər dəniz, istərsə də quru tərəfdən müdafiə qalası olub. O, çox möhkəm və hündür tikildiyindən lazım gəldikdə orada hərbi müşahidələr aparmaq, gözlənilən təhlükəni qonşu qalalara xəbər vermək, qısa müddətli sığınacaq və s. üçün istifadə etmək mümkün idi. Belə ehtimal olunur ki, hərbi əməliyyatlar zamanı Qız qalasında 250 adam yerləşə bilirdi. İrəli sürülən fərziyyələrdə o da bildirilir ki, abidə indi gördüyümüz tikintidən ibarət olmayıb. Onun şimal tərəfində qazıntı zamanı Şah Abbas darvazasına doğru uzanan qala divarları ilə birləşən divar və yarımbürc qalıqları nəzərə çarpır. Qız qalasının cənub-şərq tərəfindən (ikimərtəbəli ev hündürlükdə) «dayaq divar» da əvvəllər mövcud bina ilə bitişən daşların qalıqları çıxıq şəklində indi də mövcuddur. Məhz bu çıxıqlar olan tərəfdə abidənin 5-6-cı mərtəbələri arasında qapı yeri qalıb. Yəqin ki, bu qapı yeri vaxtilə burada qalaya bitişik olan binanın üstü ilə əlaqə saxlamaq üçün istifadə olunub. Abidənin qeyd etdiyimiz tərəfdən bir neçə quyu yeri aydın görünməkdədir. Şübhəsiz ki, bu quyular da vaxtilə abidəyə bitişik olan bina ilə əlaqədar qazılıb. Bütün bunlar Qız qalasına bitişik binanın olduğunu söyləməyə əsas verir. Qeyd edək ki, tikilinin divarında olan kitabənin tipik formalı kufi xətti onun XI-XII əsrlərə aid etməyə əsas verir. Sonradan qala XIV əsrdə baş vermiş zəlzələ nəticəsində su altında qalıb. Qala tikintisinin fəal müdafiənin ən yuxarı hissəsindəki meydançada aparıldığı ehtimal olunur. Meydançadakı döyüşçüləri qorumaq üçün maşkullar düzəldilirdi. Maşkullar divar səthindən irəli çıxan daş dirsəklərdən, bunların arxasındakı mağzallardan və döyüşçünü qarşı tərəfdən qoruyan dişlərdən ibarət qurğudur. Vaxtilə Qız qalasının yuxarı hissəsində maşkullar olub. Lakin XIX əsrdə aparılan təmirdən sonra indiki şəklə salınıb.

Qız qalasının rəsədxana olduğunu bildirənlər də var. Məsələn, bəzi tarixçilərə görə, rəsədxanada göy cisimləri müşahidə olunurdu. Eyni zamanda Günəşin çıxmasını müşahidə etmək mümkün idi. Marağa və Təbriz rəsədxanalarında «yüksək qübbə» mövcud olub. Bu fərziyyələrin tərəfdarları Qız qalasını rəsədxananın qübbəsi, ona bitişik olmuş tikinti kompleksini isə rəsədxana kimi qəbul edirlər. Arxeoloqlar müəyyən ediblər ki, Qız qalası iki hörgü sistemi ilə tikilib. Birinci 12 metr hündürlüyədək olan hamar hissədir. İkinci hörgü sistemi isə 12 metrdən yuxarı yuxarı hissədə tətbiq edilib. Buradakı yonma daşların növbə ilə batıq və çıxıntı şəklində hörülməsi qalaya əzəmət verir. Diqqət yetirilsə, burada 31 (30) çıxıntı zolaqlarını asanlıqla saymaq olar. Güman etmək olar ki, bunlar bir aydakı günlərin sayını göstərir. «Dayaq divarının» cənub və şərq tərəfindən zolaqlar sayılsa, onların sayının 24 olduğunu görmək olar. Belə müəyyənləşdirilib ki, 24 rəqəmi gecə-gündüz ərzində saatların sayıdır. Abidənin cənuba baxan pəncərələrinin 4 olması fəsillərin, mərtəbələrə qalxan pillələrin 12 olması isə ildəki ayların sayını göstərir. Lakin bu fərziyyələrin bir çoxunu inkar edən fakt Qız qalası divarlarının aşağı hissədə 5, yuxarı hissədə isə 4 metr qalınlığında olmasıdır. Bundan başqa, onun çox böyük hündürlüyü sonuncu üç fərziyyəni təkzib edir. Çünki nə od məbədi, nə daxma, nə də rəsədxana üçün bu qalınlıqda və hündürlükdə divarlara ehtiyac yoxdur. Digər tərəfdən, mənbələrdə Bakıda od məbədi, rəsədxana, daxma təyinatlı abidənin adı çəkilmir. Bu fərziyyələr içində həqiqətə yaxın olanı Qız qalasının müdafiə istehkamı olmasıdır. Qazıntılar zamanı aşkar edilən qala divarı bu fikrin doğruluğunu sübut edir. Görünür, Qız qalası XII əsrdə qala içərisində ən möhtəşəm müdafiə istehkamı, Bakı və ətraf ərazilərin müdafiə istehkamları sistemində baş içqala olub. Bu abidə XIX əsrin ortalarında təmirdən sonra indiki şəklə salınıb. Ondan gözətçi məntəqəsi və mayak kimi istifadə olunması daha real görünür. Qalanın tikilmə tarixi ilə bağlı da müxtəlif fikirlər irəli sürülür. Qız qalasının bünövrəsinin bizim eradan əvvəl VII əsrdə qoyulduğunu, ikinci hissəsinin isə bizim eranın XII əsrində tamamlandığını deyirlər. Bu isə onunla əsaslandırılır ki, qalanın aşağı daşları yuxarıya nisbətən köhnədir.